Інститут біології клітини НАН України створено на базі Відділення регуляторних систем клітини Інституту біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України в 2000 р. згідно з постановою Кабінету міністрів України від 14 липня 2000 р. за № 1123 "Про створення Інституту біології клітини в м. Львові".

Відділення було організовано в 1969 р. Його першим директором став проф. Кусень Степан Йосипович, який керував Відділенням до 1995 р. З 1995 р. до моменту створення Інституту біології клітини в 2000 р. директором Відділення регуляторних систем клітини був проф. Стойка Ростислав Степанович. Директором Інституту біології клітини НАН України в 2000р. було призначено члена-кореспондента НАН України, докт. біол. наук, проф. Сибірного Андрія Андрійовича, а в 2002 р. його було обрано на цю посаду на п”ятирічний термін.

Інститут біології клітини є відомим в Україні та за її межами науковим закладом, який проводить пріоритетні фундаментальні та прикладні дослідження в області сучасної клітинної біології, молекулярної біології, мікробіології, біохімії, генетики та біотехнології. В Інституті працює 100 чол., із них 13 докторів наук (4 - по сумісництву) і 31 кандидат наук. За 10 останніх років співробітниками Інституту опубліковано 8 монографій, понад 300 наукових статтей, із яких більше 150 - у міжнародних виданнях, 15 патентів України та 1 патент європейського патентного відомства. Крім вітчизняних планових та конкурсних наукових тем, співробітники Інститут протягом останніх 10 років виконували близько 30 міжнародних наукових проектів.

У 2004 р. Інститут був організатором Установчого з`їзду Українського товариства клітинної біології.

За юридичною адресою Інституту зареєстровано Українське товариство клітинної біології, створене у 2004 році.

При Інститут працює Спеціалізована Вчена Рада - Д 35.246.01 - по захисту докторських і кандидатських дисертацій за двома спеціальностями: "цитологія, клітинна біологія, гістологія" (03.00.11) і "мікробіологія" (03.00.07).